日医総研(日本医師会総合政策研究機構)の「ITを利用した全国地域医療連携の概況(2015年度版)」によると、地域医療連携システムの平均構築費用は約1億7000万円。前年度より約2300万円下がっているが、高額な初期費用を強いられている。年間の運用費用はシステム構築費用の約5%に当たる810万円。
地域別では東北が最も高く約3億5000万、最も低い近畿は約7200万円と地域差がみられる。
システム更改時の費用工面は、約半数の地域医療連携で未定。12年から4年間のうち、約4割の地域医療連携が継続されない原因の1つは金銭面だとしている。
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