政府は12月24日、2016年度予算案を閣議決定し、厚生労働省予算案が当初予算で初となる30兆円を突破した。
厚労省の予算案は一般会計で前年度比3963億円(1.3%)増の30兆3110億円。うち社会保障関係費は前年度比4126億円(1.4%)増の29兆8631億円となった。政府全体の社会保障関係予算は前年度限定の給付金を除いた経年比較可能な基準に換算すると前年度比4997億円(1.4%)増の31兆9738億円となり、『骨太方針2015』に盛り込まれた社会保障費の伸びを約5000億に抑制するとの目標を達成した。
厚労省は8月の概算要求で社会保障費の伸びを約6700億円と想定。しかし、16年度診療報酬改定率が実質ネット(全体)マイナス1.03%になったことに加え、いわゆる門前薬局の評価引下げや協会けんぽへの超過準備金の国庫補助特例減額の効果などにより約1700億円削減される形となった。