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アポリポ蛋白Eの検査の仕組みは？【phenotypeとgenotypeの違い】
【Q】
アポリポ蛋白Eの検査時に表現型（phenotype）と遺伝子型（genotype）のどちらかが求められますが，この2つにはどのような差異があるのでしょうか。
報告形式としてはE2／2，E3／2，E3／3，E4／2，E4／3，E4／4となっており，同じように見えます。 （青森県 M）
【A】
血液中の脂質は，蛋白質と結合し，リポ蛋白と呼ばれる複合体をつくっています。蛋白質の大部分を占めるのがアポリポ蛋白（アポ蛋白）です。アポリポ蛋白E（アポE）はそのうちの1つで，TGに富むリポ蛋白やHDLと結合しています。
アポE遺伝子には，ε2，ε3，ε4の3つの対立遺伝子（アレル）があり，両親から遺伝した2つの対立遺伝子の組み合わせにより，6つの遺伝子型（ε2／2，ε3／2，ε3／3，ε4／2，ε4／3，ε4／4）にわけられます。アポE遺伝子によって合成されるのが，E2，E3，E4の3つのアイソフォームで，遺伝子型同様に，6つの表現型（E2／2，E3／2，E3／3，E4／2，E4／3，E4／4）を示します。
アポEは，299個のアミノ酸から成る分子量が約3400の蛋白です。112番目と158番目のアミノ酸は，E2でシステイン／システイン，E3でシステイン／アルギニン，E4でアルギニン／アルギニンです。E2／2は家族性Ⅲ型高脂血症と，E4はアルツハイマー病や高LDL-C血症と関連することが知られています。
アポEの遺伝子型の解析には，一般にrestriction fragment length polymorphism （RFLP）法を用います。
本法では，抽出したDNAから対象の遺伝子をPCRで増幅し，制限酵素（特定の配列を認識して作用する）でPCR産物を切断します。アポE遺伝子型の検査では，アルギニンに対応する配列を含む部位を切断する制限酵素（HhaⅠ）を用います。アイソフォームによってDNA断片の長さに差が生じるので，これを電気泳動で分離して，バンドのパターンから遺伝子型を判定します。
一方，アポEの表現型の解析には，等電点電気泳動法を用います。E2，E3，E4は，それぞれ等電点が異なるため，別のバンドとして検出されます。当然，ほとんどの場合は，アポE遺伝子型と表現型は一致します。
しかし，等電点電気泳動法では，等電点が異なれば，上記以外のアイソフォームも検出できます。脂質異常症や冠動脈疾患の患者では，E5やE7などのアイソフォームのバンドを認めることがあります。それ以外の変異アポEも，等電点の違いにより移動度がほかと異なれば，検出可能です。逆に，変異アポEであっても，等電点がほかのアイソフォームと同じなら区別できません。遺伝子型をRFLP法で決定している場合には，このような変異アポEは検出できません。アポEの異常が疑われるのにRFLP法や等電点電気泳動法で異常を認めない場合は，アポE遺伝子の配列を直接決定するダイレクトシークエンス法を行う必要があります。
